沃特世固相萃取柱应用得到快速发展，已广泛应用于食品、环境、制药等行业，成为样品前处理净化的有效手段之一。可是在使用固相萃取小柱过程中也会遇到各种各样的问题。以下是关于沃特世固相萃取柱的常见故障整理，希望可以帮助到用户。
一、回收率低
在一次完整的SPE操作中，目标化合物可能会存在于样品溶液流出液、淋洗液、洗脱液或吸附剂中，当“目标物没有回收或回收率低” 现象发生时，可向样品溶液加入标液，然后进行完整的SPE操作并将样品流出液、淋洗液和洗脱液分别收集并分析，首先确定目标化合物存在于哪一部分，进而确定问题来自下列哪一环节：
1、目标化合物在吸附剂上保留不足；
2、目标化合物未被*洗脱；
3、其他环节。
1、目标化合物在吸附剂上保留不足
当超过5%的目标化合物出现在样品流出液或淋洗液时即可断定“目标化合物在吸附剂上的保留不足”。
2、目标化合物未被*洗脱
当目标化合物在样品溶液流出液和淋洗液中未出现而洗脱液中仅有少量或未出现时，可判断“目标物未被*洗脱”。
3、其他环节
如果目标化合物在洗脱液中正常出现，那么回收率不足的问题应该来自样品前三、净化效果不理想
1、净化模式的改进
通常而言采用保留目标化合物的模式比保留杂质的模式净化效果好，如果正在分析的项目为某一种或某一类化合物分析，最好是采用保留目标化合物的净化模式；举一个简单的例子，同样是分析蔬菜中的多菌灵和噻菌灵(一类碱性农药)，使用阳离子交换柱可以专一性地保留这些农药，使它们基本与干扰物*分离，而使用正相吸附剂或石墨化炭黑进行保留干扰物的操作仅能把主要的干扰物除去，仍有较多干扰物存留。
另外，如果不止一种SPE柱可用于目标化合物的净化时，应挑选选择性好的吸附剂；选择性方面，离子交换>正相>反相。
2、淋洗液和洗脱液的优化
对于反相模式和正相模式，应在不影响回收率的前提下，增大淋洗液洗脱的强度并降低洗脱液的洗脱强度。
对于反相模式，可将目标化合物的水溶液上样，然后依次用5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%的甲醇水溶液洗脱，分别收集洗脱液分析，建立淋洗曲线，找出目标化合物被洗脱时的溶剂体系，淋洗液中甲醇的含量应稍低于目标化合物恰好被洗脱时的溶剂体系，而洗脱液中甲醇的含量应稍高于目标化合物恰好被*洗脱时的溶剂体系；当纯甲醇不能洗脱目标化合物时，应试验甲醇-甲基叔丁基醚混合溶液的洗脱曲线；对于某些既不溶于水也不溶于甲醇的离子型化合物，可以在溶剂体系中加入酸或碱。
对于正相体系，可将目标化合物的正己烷溶液上样，然后依次用5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%的正己烷甲基叔丁基醚溶液洗脱，分别收集洗脱液分析，建立淋洗曲线，找出目标化合物被洗脱时的溶剂体系，淋洗液中甲基叔丁基醚的含量应稍低于目标化合物恰好被洗脱时的溶剂体系，而洗脱液中甲基叔丁基醚的含量应稍高于目标化合物恰好被*洗脱时的溶剂体系。
3、对SPE柱进行合理的处理
SPE柱中的吸附剂可能存在少量干扰物，有效地活化可以避免这些干扰物进入洗脱液，活化溶液应选择整个操作中洗脱强度*的溶剂体系；在反相模式中，从样品溶液到洗脱液主要涉及0%-100%甲醇水溶液，所以活化溶液应选纯甲醇，当目标化合物需要用甲醇-甲基叔丁基醚混合液洗脱时，活化溶液应选甲基叔丁基醚；在正相模式中，从样品溶液到洗脱液主要涉及0%-100%正己烷-甲基叔丁基醚溶液，所以活化溶液应选纯甲基叔丁基醚。处理的其他环节。
